O Tribunal de Contas da União (TCU), em recente acórdão (nº 3.476/2012), publicado em 17 de dezembro de 2012, criticou o "planejamento não integrado" de importantes projetos da União e do Estado da Bahia que contribuiriam para melhorar a infraestrutura ferroviária e portuária do país.
Segundo o TCU, ao analisar a tomada de decisão da União e da Bahia em relação, respetivamente, à evolução da Ferrovia de Integração Oeste-Leste (FIOL) e do Complexo Porto Sul, detectou-se a "falta de elaboração ou a deficiente elaboração de estudos de viabilidade técnica, econômica e ambiental da ferrovia de forma fragmentada e sem considerar a adequada análise de sua relação com o complexo portuário, cujos empreendimentos apresentam sinergias e são interdependentes, especialmente quanto as suas fases de implantação e de operação, inclusive quanto a sua garantia da viabilidade ambiental e ao seu cronograma de execução das obras".
A pauta chegou ao TCU por intermédio de denúncia, de autoria do Grupo Ambientalista da Bahia, com pedido de medida cautelar, sobre possíveis irregularidades no Complexo Porto Sul (que compreende Terminal Portuário Privado, sob a responsabilidade da empresa Bahia Mineração Ltda. - Bamin - e do Terminal Portuário Público, denominado Porto-Sul).
A decisão do TCU foi no sentido de não suspender as obras da União. Adicionalmente, o Tribunal demandou diversas medidas e solicitou informações aos órgãos federais envolvidos (Ministério dos Transportes, ANTT, VALEC, EPL, entre outros).
